이달 말 발표되는 올해 세제 개편안에는 기업 활력 제고와 일본의 대(對)한국 수출규제 대응을 위해 연구·개발(R&D) 투자에 대한 세제 지원을 확대하는 내용이 담길 예정이다.

올해 일몰이 도래하는 비과세·감면 제도 가운데 연간 감면액이 큰 상당수가 연장될 것으로 보인다.

17일 기획재정부 등 관련 부처에 따르면 정부는 경제 활력을 되살리고 일본의 수출규제에 대응하는 차원에서 신산업 R&D를 위한 다양한 세제 인센티브를 마련 중이다.

앞서 정부는 하반기 경제정책 방향, 서비스산업 혁신 전략 등을 발표하면서 이런 지원 방향의 큰 틀을 밝혔다.

먼저 정부는 신성장기술 R&D 위탁연구개발비 인정 범위를 확대한다.

현재는 신성장 R&D 세액공제 대상 위탁·공동연구개발 기관의 범위가 국내 소재 기관으로 한정돼 있고, 해외연구기관 및 해외에 소재한 국내 모회사의 자회사 등은 제외된다.

이 때문에 신성장기술 확보를 위해 선진국과의 기술 협력이 필요하지만, 국내 소재 기관만 인정돼 지원이 한정적이라는 경영계의 불만이 있었다. 선진국과의 기술 격차를 줄이고 국내 기업의 경쟁력을 확보하기 위해 해외 위탁연구개발비도 세제 지원이 필요하다는 주장이다.

이에 정부는 위탁 및 공동연구개발 대상기관 범위에 요건을 갖춘 해외 자회사를 포함하는 방안을 검토 중이다.

이와 함께 정부가 그동안 지속적으로 축소해 온 일반 R&D 비용에 대한 세액공제율을 상향할지도 관심이다.

일반 R&D 설비투자에 대한 세액공제율은 2010년 10%에서 2018년 기업 규모별로 1~7%로 계속 축소됐다. 작년에 세법 개정을 통해 중소기업만 일부 세액공제율을 상향했다.

다만 정부는 신성장기술 R&D 인건비 인정범위를 확대해달라는 경영계의 요구는 이번 세제 개편안에 반영하지 않기로 방침을 정했다.

현재 신성장 R&D 세액공제 대상 인건비는 전담 부서, 전담 연구인력의 경우만 인정되며, 연구인력이 일반 R&D와 신성장 R&D를 병행하는 경우 신성장 R&D 세액공제를 적용해주지 않는다.

이 때문에 기업에서는 동일한 연구인력이 신성장 R&D와 일반 R&D 활동을 병행하는 경우가 다수 존재하나 전담 인력이 아니라는 이유로 신성장 R&D 세액공제를 적용받지 못한다는 불만을 토로하며 지원 범위를 확대해 달라고 요구했으나, 이번 세제 개편안에 관련 내용은 포함되지 않을 전망이다.

정부는 물가 상승 등에도 불구하고 1995년부터 현재까지 무려 24년째 동일하게 유지돼 온 소액수선비 감가상각 특례 기준을 올리는 방안을 추진한다.

현재 개별 자산별로 300만원 미만의 수선비를 비용으로 회계처리하면 세무상 인정해주고 있는데, 이를 500만원 이상으로 올리는 방안을 검토 중이다.

올해 말로 일몰이 예정된 비과세·감면 항목들 가운데서는 연간 감면액이 큰 조세특례 조항을 중심으로 상당수가 연장될 전망이다.

조세특례제한법상 올해 연말에 일몰되는 비과세·감면 항목은 총 31개로, 이 가운데 이미 연장하겠다고 발표한 조항이 여럿이다.
먼저 도입 20년을 맞은 신용카드 소득공제 제도의 일몰 기한이 또다시 연장된다.

지난 3월 홍남기 부총리 겸 기획재정부 장관이 "신용카드 소득공제와 같이 도입 취지가 어느 정도 이뤄진 제도는 축소 방안을 검토하는 등 비과세·감면제도 전반을 종합적으로 검토하겠다"고 밝혔다가 여론의 반발이 거세자, 당·정·청이 일찌감치 3년 연장 방안을 발표했다.

주택청약 종합저축에 대한 소득공제, 비과세 종합저축에 대한 과세특례도 정부가 일몰 연장을 이미 확정 발표했다.

비과세 종합저축은 만 65세 이상의 노인이나 장애인 생활보호대상자를 대상으로 이자소득에 대한 세금을 완전히 면제해주는 상품이다.

주택청약종합저축은 과거 청약저축과 청약 예·부금 기능을 합한 상품으로 연말정산 시 과세연도 납부금액 40%에 세제 혜택을 주는 상품이다.

연말에 일몰이 도래하는 수소전기차 개별소비세 5% 전체 감면도 2022년 말까지 연장됐다.

또한, 기업 투자 활성화 차원에서 올해 말 일몰되는 생산성 향상시설·안전시설 투자세액공제 제도는 2021년까지 2년 연장하고, 적용 대상에 의약품 제조 첨단시설, 위험물 시설 등을 추가해 범위를 넓혔다.

생산성향상시설 투자세액공제는 대기업·중견기업·중소기업에 각각 1·3·7% 적용하던 공제율을 법 개정안 통과 시부터 1년간 2·5·10%로 높였다.

이밖에도 정부는 올해 말 일몰이 도래하는 조항 가운데 ▲ 정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제 ▲ 의약품 품질관리 개선시설투자에 대한 세액공제 ▲ 내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례 ▲ 설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례 ▲ 외국인 관광객에 대한 부가가치세 특례 ▲ 외국인 관광객 미용성형 의료용역에 대한 부가가치세 환급 특례 ▲ 첨단의료복합단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면 등의 일몰 연장 여부를 검토하는 것으로 알려졌다.

다만 일부 조항은 예정대로 폐지한다.

석유제품 전자상거래에 대한 세액공제가 대표적이다.

그동안 정유소 등 석유제품 공급자 외에 주유소 등 매수자도 한국거래소 온라인 사이트에서 석유제품을 거래하면 세액공제를 해 줬는데, 정부는 이 조항을 예정대로 올해 말에 폐지하기로 방침을 정했다.

기재부 관계자는 "규모가 큰 것들은 그만큼 영향력이 크고 이해관계자가 많아 일몰 종료가 쉽지 않은 것이 사실이나, 실효성이 적은 것들은 최대한 정비하려고 검토하고 있다"고 말했다.