해외에 현지법인을 둔 기업이 지방자치단체에 법인지방소득세를 낼 때 현지에서 납부한 세금을 공제하지 않아 이중과세를 하고 있다며 세부담을 완화해야 한다는 주장이 나왔다.

5일 전국경제인연합회 산하 한국경제연구원(한경연)은 이같은 내용이 담긴 '해외진출기업의 법인지방소득세 이중과세 문제 검토' 보고서를 발간했다.

보고서는 현재 해외 진출 기업이 정부에 내는 법인세(국세)는 외국에서 납부한 세금을 공제해주고 있지만, 지방자치단체에 내는 법인지방소득세는 공제를 받지 못해 이중과세 문제가 발생하고 있다고 주장했다.

한경연은 2014년부터 새롭게 시행된 지방세법과 지방세특례제한법에서 외국납부세액공제 관련 규정이 삭제됐기 때문이라고 설명했다.

이전까지는 법인세의 10%가 법인지방소득세로 할당돼 법인세의 공제가 지방세에도 적용됐지만, 2014년 법인지방소득세가 독립세로 전환되면서 공제가 적용되지 않게 됐다.

이에 한경연은 이중과세 부담을 완화하기 위해 과세표준을 계산할 때 외국 자회사가 납부한 세액 만큼을 총수익에 산입하지 않거나 산입 후 '간접외국납부세액 공제'를 적용해야 한다고 주장했다.

간접외국납부세액 공제는 국내에 있는 모기업이 해외 자회사로부터 배당을 받은 경우 자회사가 외국에서 납부한 법인세만큼 모회사의 법인세를 공제해 주는 제도다.

보고서는 예시로 해외 현지 법인이 소득 300억원 중 세금으로 45억원(법인세율 15%)을 현지에서 납부하고 국내에 있는 모기업에 255억원을 배당하는 경우를 들었다.

이 경우 2014년 개정 후 모기업의 세금 납부액은 법인세는 동일하지만 법인지방소득세는 4억5천만원 증가한다.

개정 전에는 모회사의 해외 배당수입을 현지에서 세금을 납부하기 전의 금액으로 환산한 뒤 세액을 산출하고 외국납부세액공제를 적용해 지방소득세를 산출했다.

개정 후에도 똑같이 세전 금액으로 환산해 세액을 산출하지만 외국납부세액공제는 하지 않아 이중과세 부담이 발생하고 있다는 것이다.

법인지방소득세 부담액을 계산하면 개정 전에는 1억6천800만원이지만 개정 후에는 6억1천800만원으로 4억5천만원이 증가하게 된다.

보고서는 기업들이 외국납부세액을 공제해 달라며 감액경정을 청구했으나 지자체가 이를 거부해 소송으로 이어졌고, 2018년 10월 대법원에서 지자체가 패소했다고 말했다.

그러나 행정안전부는 대법원 판결 이후에도 법령을 판결의 취지와 다르게 개정하며 이중과세 방지 원칙을 무시했다고 한경연은 주장했다.

행정안전부는 올해 4월 관련 제도 개선을 하반기 정기 국회에서 추진하겠다고 밝힌 상태다.

임동원 한경연 부연구위원은 해외 진출 기업이 국내 배당을 통해 '배당의 유턴'을 촉진할 수 있도록 법인지방소득세 계산에 외국납부세액공제를 적용해야 한다고 강조했다.

그는 "법률적 미비로 국제적 이중과세 방지장치인 외국납부세액공제가 기능하지 못하게 됐다"며 "해외 진출 기업의 국내 배당소득에 대해 세액공제를 적용하지 않는다면 해외소득을 현지에 과도하게 유보하는 문제가 발생할 수 있다"고 말했다.