고위공직자범죄수사처(공수처)가 중립성 논란의 단초가 된 '선별 입건' 제도를 폐지한다.

검찰과 권한 갈등 요인으로 꼽힌 '조건부 이첩'(공소권 유보부 이첩)과 경찰의 체포·구속 영장 신청권도 내부 규정에서 일단 삭제하기로 했다.

26일 공수처는 이러한 내용을 골자로 하는 사건사무규칙 개정안을 입법예고했다.

공수처는 일단 기존 '사건조사분석' 단계를 없앤다. 처장이 수사할 사건을 직접 선별해 '입건'하는 현 제도를 폐기하기로 한 것이다.

대신 검찰이나 경찰처럼 고소·고발 사건은 접수와 동시에 입건하도록 손봤다.

이는 공수처가 국민의힘 윤석열 대선 후보에 대해서만 4개 혐의로 입건해 '표적 수사'라는 비판이 나오는 등 정치적 중립성·독립성 논란이 불거진 점을 고려한 개정이다.

구체적으로는 사건 접수 단계에서 ▲ 공직범죄사건 ▲ 진정사건 등으로 구분해 수리하는 내용이 개정안에 새로 담겼다.

공수처가 수사 내지 기소할 수 있는 요건에 부합하는 고소·고발 사건은 '공직범죄사건부'에 기록하고 '○년 공제 ○호' 형식으로 사건번호를 부여해 입건한다.

공수처가 범죄를 인지하거나 다른 수사기관으로부터 이첩·이송받은 사건도 같은 방식으로 번호를 매긴다.

공수처는 규칙 개정이 완료되면 기존에 부여했던 사건번호들도 재배정할 방침이다.

만약 고소·고발이 불분명하거나 익명·가명 등으로 진정·탄원 등이 접수돼 수사를 개시하기 어려운 사안이라면 '진정사건'으로 접수해 별도로 관리한다.

공수처는 입건 수가 늘어나 공소 담당 검사의 업무 부담이 늘어날 것을 고려해 '수사·기소분리사건 결정 제도'를 도입하기로 했다.

일반 사건은 수사 담당 검사가 처장의 지휘·감독에 따라 공소제기 여부까지 결정하되, 사건의 중대성을 고려해 처장이 선정한 '수사·기소 분리사건'에 한해 공소부 검사가 최종 결정에 관여하도록 했다.

이는 수사와 기소를 별도의 검사가 담당해 견제와 균형의 원리를 적용하겠다고 강조한 공수처가 인력 부족 탓에 원칙에서 후퇴한 결정을 내린 것으로 분석된다.

사건조사분석 단계 폐지로 고소·고발·진정인에 대한 사건 처리 통지 제도도 사라진다.

지금까지 공수처는 입건·불입건·단순이첩 등의 결정을 내리면 민원인에게 이를 즉시 통지했지만, 앞으로는 최종 처분에 대해서만 알리게 된다.

공수처는 검찰과 마찰을 빚은 민감 조항도 일단 삭제하기로 했다.

'조건부 이첩' 조항이 사라진다. 이 조항은 공수처가 업무 과중으로 수사 여력이 없을 때, '제 식구 감싸기' 우려가 큰 사건은 해당 기관에서 수사한 뒤 공수처가 돌려받아 수사를 제대로 했는지 검증한 뒤 공소제기를 판단하는 것이다.

작년 5월 이 내용이 공수처 사건사무규칙에 담기자 대검찰청은 "법적 근거가 없다"며 공식적으로 반대하는 등 갈등이 빚어졌다.

공수처는 조건부 이첩을 명문화하는 공수처법 개정이 진행 중이고, 지난해 공수처가 조건부 이첩을 발동했음에도 검찰이 거부한 '김학의 전 법무부 차관 불법 출국금지' 사건 재판에 대한 사법부의 판단이 남아 있어 이를 기다려보겠다고 설명했다.

아울러 경찰이 판·검사 등을 수사할 때 신병 확보를 위한 체포·구속영장을 검찰이 아닌 공수처에 신청하도록 한 조항도 삭제했다. 이 역시 검찰이 반발한 조항이다.

다만 압수수색 영장이나 통신사실확인자료제공요청 등 수사를 위한 허가서는 현행 그대로 경찰이 공수처를 통해 법원에 청구할 수 있도록 했다.

공수처 관계자는 "개정 규칙에 대한 의견을 오는 3월 7일까지 수렴할 계획"이라며 "향후 개정이 완료되면 일부 직제도 개편할 방침"이라고 말했다.