국세청이 2009년 이후 거둬들인 종합부동산세 가운데 일부가 이중과세에 해당하므로 돌려줘야 한다는 취지의 대법원 첫 판결이 나와 파장이 예상된다.

12일 대법원 1부(주심 고영한 대법관)는 KT와 한국전력, 신세계, 국민은행 등 25개 기업이 각 관할 세무서장을 상대로 낸 종합부동산세 부과처분 취소청구 소송에서 원고 패소로 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다고 밝혔다.

대법원은 종부세법 기본취지가 이중과세를 피하기 위해 세액 계산시 재산세를 공제하도록 한 것이라며, 국세청이 마련한 시행규칙에 따른 세액산정이 적법하다고 본 원심은 법리를 오해한 위법이 있다고 판단했다.

대법원 취지대로라면 소송을 낸 25개 기업은 파기환송심을 통해 더 낸 세금 180억여원을 돌려받을 수 있게 된다.

국세청은 2008년 말 개정된 종부세법과 시행규칙에 따라 2009년 부과분부터 세금을 계산해왔다.

종부세 과세기준을 넘어선 금액에 공정시장가액비율(현행 80%)을 곱한 금액을 기준으로 재산세 공제액을 계산하는 방식이다.

그러나 국민은행 등 25개 기업은 이런 식으로 세금을 부과하면 이중과세가 된다며 소송을 냈다.

1심은 이중과세라는 기업 측의 주장을 받아들여 원고 승소로 판결했지만, 항소심은 이중과세의 위험이 없다며 원고 패소로 판결을 뒤집었다.

그러나 대법원은 1심과 마찬가지로 국세청의 이런 계산법에 따르면 재산세 중 일부가 공제되지 않아 세금이 초과징수된다고 봤다.

공정시장가액비율을 곱한 금액이 아닌 종부세 과세기준을 넘어선 금액 그대로를 기준으로 재산세 공제액을 계산해야 한다는 취지다.

예를 들면 이번 소송에 참여한 한국전력은 국세청 계산방식에 따라 2009년 11월 관할 세무서에서 보유한 주택과 토지 등에 대한 종부세 100억여원을 내라는 처분을 받았지만, 법원 판결 취지에 따르면 종부세를 76억5천만원만 내도 된다.

이런 식으로 2009년 이후 국세청이 기업과 일반 부동산 보유자에게서 더 거둬들인 세금은 수천억원에 달할 것으로 보인다. 2009년도 종부세 납세액만 9천600억원이 넘는다.

그러나 현행법에 따르면 납세자 모두가 환급받을 수는 없어 논란이 불가피할 전망이다.

종부세 납부방법은 직접 신고해서 납부하는 방식과 납세고지서대로 내는 부과고지 방식으로 나뉘는데, 부과고지로 납부한 경우 고지서를 받은 뒤 90일 이내에 이의제기를 해야지만 환급을 요구할 수 있기 때문이다.

다만 신고방식으로 납부한 경우 국세기본법 등에 따라 납부한 지 3년이 지나지 않았다면 경정청구나 소송을 낼 수 있어 추가 소송이 이어질 것으로 예상된다.